日本長老教会は、公同教会のあらわれの一つとして、１９９３年５月３日に設立されました。その歴史的経緯は、1956年に設立された「日本基督長老教会」と、戦後生まれた独立の長老教会が集まって１９７９年に設立された「日本福音長老教会」とが、同じく正統的な長老主義を受け継ぐ教会として、１９９３年５月に合同して成立したものです。現在は、宮城、茨城、埼玉、千葉、東京、神奈川、山梨、愛知、岐阜、三重、石川、大阪、奈良、兵庫、香川、徳島の１６都府県に、６中会７１地区教会が所在しています。この教会は、旧新約聖書に基づき、ウェストミンスター信仰告白及び大小教理問答（以下「ウェストミンスター信仰基準」という。）に準じて、改革主義信仰、独立自治、長老政治の三原則により、イエス・キリストの福音を立証し、宣教します。

改革主義信仰は、「ただ聖書のみ」の原理に厳正に立つものであり、ウェストミンスター信仰基準は、その歴史的正統的信仰を的確に組織体系化したものです。独立自治とは、日本長老教会の教会員によって、政治的、経済的に自主自営することです。この原則に立って国内外の諸教会との協力関係を進めています。長老政治は、旧新約聖書を通じて示された政治形態であり、神の民の中から召され選ばれた教師と長老が代表として責任をもって教会を統治します。この教会の使命である、イエス・キリストの福音の立証と宣教とは ,福音が命じる信仰と生活を純粋に、また聖潔に立証し、教理と実践の両面において積極的に宣べ伝えてゆくことです。